Никакой разницы особо нет. Когда-то давно обособленный список файлов именовался по-английски Directory, а на русский язык это переводилось как каталог или директория (популярнее всё же был каталог). С появлением Windows внезапно это получило английское название folder и соответствующий значок. Тогда и по-русски стали называть это словом «папка».