Исторически лагер и эль отличаются типом брожения, то есть разновидностями дрожжей. Элевое брожение обычно называли "верховым" или "теплым": оно проиходит при температуре 15-30°С, а дрожжи по окончанию работы поднимаются наверх, где их собирают. Лагерное брожение протекает в прохладе (10-13°С), затем пиво выдерживается при околонулевой температуре, чтобы дрожжи закончили свою работу. Дрожжи по окончанию брожения ложатся плотным слоем на дно. Брожение при высоких температурах увеличивает выработку побочных продуктов (эфиров, фенолов и так далее), поэтому эли обычно обладают более выраженной фруктово-пряной ароматикой. Сейчас выведено много разновидностей дрожжей, которые находятся как бы между элевыми и лагерными и сочатают их свойства - например, бродят в тепле, но хорошо оседают на дно бродильной емкости. Типичные эли - немецкий вайцен, бельгийский блонд, английский биттер. Типичные лагеры - пилзнер, бок, шварцбир.
Эли сбраживаються верховыми дрожжами, лагеры — низовыми. Верховые дрожжи действуют у поверхности пива или сусла, низовые - в нижних слоях. Эта разница отражается на вкусовых качествах напитков.