Орган - это как отдельное устройство, которое имеет свое предназначение, как отдельный модуль. Например, печень, глаз, язык, пищевод.
Часть тела - это кусок тела. В части тела могут быть несколько органов.
Части тела это внешнее строение человека, явно выделяемое: руки, голова, ноги, шея и так далее.
Органы - внутреннее (но необязательно, нос и глаза тоже органы), более детальное и более узкоспециализированное.