Окраску растениям придают пластиды, в данном случае это хромопласты - окращенные пластиды, цвет связан с содержанием каротиноидов, которые и придают некоторым сортам лука розовый или красноватый цвет.
В луковой шелухе находится пигмент кверцетин, он придает оранжевую окраску.
А красный оттенок придают антоцианы.
Оба пигмента относятся к группе флавоноидов.