В законе нет запрета. В ч. 2 постановления правительства № 1097 «О допуске к управлению транспортными средствами» от 24 октября 2014 года указаны причины отказа в сдаче экзаменов на права. Про место регистрации кандидата, разные МРЭО для сдачи теории и практики ничего не сказано.
Если обратиться в МРЭО ГИБДД, скорее всего, вам откажут, ведь такие прецеденты — редкость. Но если вы сошлетесь на указанное постановление, возможно, вам разрешат сдавать практику в другом городе.