Рассуждения для человеческого века ровно те же, что и для других (полу)прозрачных материалов, например, стекла.
Первое, что необходимо учесть, это тот факт, что любая поверхность на самом деле не является сплошной. Поверхность состоит из молекул, те из атомов, а атомы ну никак не могут быть представлены в виде неких сплошных "кирпичиков". Это ядро с электронными оболочками вокруг него. И взаимодействие света с поверхностью сводится к взаимодействию фотонов с этими электронными оболочками.
Второй момент - это волновая структура фотона. Луч света редко содержит лишь какую-то одну частоту. Гораздо чаще это волновой пакет, т.е. целый набор волн разной частоты.
Когда фотон достигает поверхности, он взаимодействует с электронными оболочками атомов двумя способами:
Если частота (а значит, и энергия) фотона достаточна для того, чтобы возбудить электрон на внешней оболочке атома, то именно это и происходит: энергия фотона поглощается электроном, электрон переходит в возбужденное состояние и занимает более высокую орбиталь. В возбужденном состоянии электрон может находиться некоторое время, после чего энергия вновь переизлучается: либо полностью, либо частично. В этом варианте мы будем наблюдать либо отраженный или рассеянный свет, либо флуоресценцию (люминесценцию).
Если возбудить электрон энергии не хватает, фотон просто летит дальше (а куда ему деваться?). Получаем прозрачный материал. Возможно, лишь какая-то часть волнового пакета будет поглощена, а другая часть "пролетит" насквозь. Получим светофильтр, например, зеленое бутылочное стекло.
В реальности имеет место некая комбинация первого и второго сценариев. А также третий, нерассмотренный сценарий поглощения энергии фотона и преобразования ее в тепловую энергию колебаний атомов.
Возвращаясь к исходному вопросу: при закрытых веках мы видим преимущественно красный свет. Следовательно, именно красные фотоны проникают сквозь толщу век и достигают сетчатки глаза. Размер фотонов тут никакой роли не играет. В первую очередь потому, что никакого размера в привычном смысле у фотонов нет.