Для этого композиторы изучают специальный предмет - инструментоведение. На нем они специально рассматривают различные инструменты, узнают их особенности, характеры, историю. За счет этого хороший композитор может написать музыку практически для любого инструмента даже не держа его в руках.
С появлением программ это становится не обязательно, т.к. композитор может сразу услышать то что написал. Единственный момент - нужно хотя бы в общих чертах представлять как люди играют на инструменте, чтобы партию чисто физически можно было исполнить вживую, а не только в электронном варианте.
Ну а сами по себе ноты ничуть не различаются на разных инструментах. Нота до на фортепьяно останется до и на трубе.
Для этого есть синтезаторы и виртуальные музыкальные инструменты. Например, у меня стоит несколько плагинов от Ample Sound, куда можно импортировать файлы формата Guitar Pro. Правда, они на целые как-то неадекватно реагируют.