"Сказать" - это глагол первого спряжения, соответственно, в форме второго лица множественного числа этого глагола мы пишем окончание -ете: "Всё будет так, как вы скажете"; "Сделаю, как скажете".
"Скажите" - это форма повелительного наклонения того же глагола, она образована при помощи суффикса -И- и окончания -ТЕ. Используем её для выражения просьбы или приказа, например: "Скажите, пожалуйста, как пройти к метро?"; "Скажите немедленно, что это неправда!"