В императорской России это сочетание строго сокращалось как "Е. И. В.", так как практики составления инициальных аббревиатур - аббревиатур из сплошных заглавных букв - просто не существовало. Современных правил, за отсутствием самого явления, не существует, так что можно сокращать как угодно. Но, вообще говоря, аббревиатура ЕИВ выглядит странно, так как в русском языке нет примеров инициальных аббревиатур в косвенном падеже.
В научных работах встречается сокращение сочетания "Собственная Его Императорского Величества канцелярия" как СЕИВК.