Кью.БранчПродвижение сообщества: с чего начать?

Как рассчитывается коэффициент экстинкции белка?

Анонимный вопрос
  · 2,6 K
Илья Кренёв
Биология
815
Популяризатор биологии, особенно биохимии и доказательной медицины. Область научной...  · vk.com/mir_mol

На основе закона Бугера—Ламберта—Бера можно рассчитать коэффициент экстинкции. Важное уравнение:

A=εcl.

A – это так называемое поглощение, которое представляет собой десятичный логарифм отношения интенсивности света, поданного на раствор (упавший свет), к интенсивности света, пропущенного им (пропущенный свет). Таким образом, поглощение – это –log10(T), где T – пропускание. Всё это на практике это обозначает, что мы должны сначала в спектрофотометр засунуть раствор, в котором растворяем белок (это будет контроль), а потом уже в белок в идентичном растворе засовываем в прибор и смотрим на число – оптическую плотность.

Эпсилон – это и есть коэффициент молярной экстинкции (вы хотите его найти), тот самый коэффициент, который является свойством данного белка и заставляет белок поглощать часть световой энергии.

c – это молярная концентрация белка (единица измерения: моль/л).

l – это длина оптического пути (единица измерения: на практике обычно сантиметр).

Потом просто выводите нужную величину (у коэффициента экстинкции получится единица измерения л/(моль*см)).

Были предложены формулы для теоретического предсказания коэффициента молярной экстинкции. Вот формула, которая позволяет вычислить его для нативного белка:

ε=5500*Numb(Trp)+1490*Numb(Tyr)+125*Numb(cystine).

Numb(Trp) – число остатков триптофана в одной молекуле данного белка,

Numb(Tyr) – тирозина,

Numb(cystine) – цистина (то бишь цистеин-цистеиновый мостик).

А вот сайты, на которых вы можете рассчитать коэффициент молярной экстинкции сами:

https://web.expasy.org/protparam/ - программа ProtParam tool. Вводите айди белка (из базы Swiss-Prot/TrEMBL) или его аминокислотную последовательность. В первом случае появится окно, там нажмите на интересующий фрагмент (синяя гиперссылка) – это может быть белок целиком, это одна из опций. После нажатия вы попадёте на другую страничку, там внизу (прокрутите) найдёте фразу «Extinction coefficients:». Это нужный Вам раздел (выбирайте случай assuming all pairs of Cys residues from cystines – это для нативных белков). Если Вы вводите последовательность (можете просто копировать откуда-нибудь вместе со всеми цифирями и прочим – всё лишнее программа автоматически удалит, а оставит только буквы аминокислот), то сразу попадёте на эту страничку. Кстати, на эту прогу можно попасть из базы данных Swiss-Prot/TrEMBL – одной из основных белковых баз – если интересующий белок там есть, конечно.

http://protcalc.sourceforge.net/ - программа Protein Calculator. Здесь вводите полную аминокислотную последовательность (опять всё лишнее программа удалит). Укажите галочку Molar Absorbanse, после чего – Отправить запрос. В появившемся окне вылезет табличка с нужными коэффициентами экстинкции. Вам нужен третий столбец, если Вас интересует белок со всеми дисульфидными связями (для нативных белков). В этой же табличке есть данные для разных длин волн (в том числе и для 280 нм).

Комментировать ответ…Комментировать…
Ещё 1 ответ
Биохимик. Выпускающий редактор блога о доказательной медицине Медфронт  · medfront.org
Коэффициент молярной экстинкции является характеристикой того, насколько сильно химическое вещество поглощает свет на заданной длине волны. Он может быть использован для определения концентрации вещества. Коэффициент экстинкции рассчитывается по формуле А = ε*с*ℓ где - ε — коэффициент молярного поглощения данного вещества; - с — концентрация... Читать далее
Комментировать ответ…Комментировать…
Вы знаете ответ на этот вопрос?
Поделитесь своим опытом и знаниями
Войти и ответить на вопрос