Аль-Махди не просто пропал. Согласно шиитской традиции он ушел в сокрытие, чтобы однажды вернуться и уничтожить тиранию и гнет.
Если прослеживать исторически, то в этот период расходятся Алиды (так называют потомков пророка по линии его внука Хусейна) и Аббасиды(правящая династия Аббасидского Халифата), до того момента заигрывающие с потомками пророка, хотя и, как утверждают шииты и не только они, именно халифы стояли за мученическими смертями имамов.
С этого периода меняется не только содержание основного лозунга вновь оказавшегося в оппозиции шиитского движения – возвращение власти семье пророка, - но и сам характер борьбы. Вооруженная и политическая борьба отходит на второй план, уступая место полемико-догматическим спорам, что заставляло Аббасидов уходить от политики физического устранения претендентов и постоянно развивать идеологическую доктрину, так как становились сильнее различные религиозно-политические оппозиционные течения. В свою очередь, шиитское движение формировало и развивало религиозно-политическую систему догматов.
Во главе общины иснаашаритов (шиитов-имамитов или двунадесятников) после исчезновения двенадцатого имама Мухаммада ибн ал-Хасана ал-Аскари в течение 60 лет стояли его наместники ("вакиль", с ар. - заместитель, регент). Четвертый вакиль Али ибн Мухаммад ас-Самарри не назначил преемника, так как считал, что совсем скоро появится сам аль-Махди и установит справедливый мир. Логика ас-Самарри основывалась на том, что прошло уже много лет со времени сокрытия, и наступили особо смутные времена, в связи с карматскими народными восстаниями, знаменовавшими собой необходимость социального переворота и установления «царства справедливости на земле».
Как отмечает И.П. Петрушевский, в совокупности с тем, что Буидами (шиитской династией из Ирана) был взят Багдад, а в Африке основан Фатимидский Халифат (шиитская исмаилитская династия Египта) для ас-Самарри были налицо все признаки возвращения «сокрытого имама», поэтому и не было смысла назначать временного заместителя. Период управления имамитской общиной вакилами получил название «малого скрывания», а период после 940 года стал именоваться «великим скрыванием двенадцатого имама». Примерно тогда же существует шиитское государство Хамданидов.
То есть, можно констатировать, что судьба шиизма связана дальше уже с теми государственными образованиями, находящиеся у власти династии которых его принимают.
Далее шиизм начинается переплетаться с суфизмом. То же происходит в эпоху монгольской власти ильханов Хулагуидов (существуют серьезные подозрения на тему того, что отдельные ильханы принимали шиизм и проводили прошиитскую политику). На территории Ирана почти век существовало Сарбадарское государство с шиито-суфийской риторикой, которое положило конец монголам. В итоге, судьба шиизма оказывается прямо связана с большим государственным образованием Сефевидским Ираном, империей, чей шах Исмаил Хатаи (будучи тюрком этнически) с 1501 г. принимает на себя статус защитника шиитов в противовес султану Османской империи (также тюрк), объявившим себя халифом всех мусульман. Таким образом, дальше судьба шиизма выразилась в противоборстве двух государств - суннитской Османской империей и шиитским Сефевидским Ираном. Но использование той или иной идеологии в большей степени было политическим решением - это позволяло разграничить свою власть императорам двух держав, просуществовавших с видоизменениями (порой существенными) до 20 века.
Постарался наиболее кратко. Буду рад дополнениям и поправкам. Подробнее об этой теме можно почитать у: Петрушевский И.П. Ислам в Иране в VII-XVвеках. Л., 1966.