Программами для программирования раньше называли программы, которые переводили человеко-читаемый язык в машинные коды. Сейчас это называется компилятор.
Первый компилятор был написан для Mark-1 в 50-х годах 20-го века. Тогда ещё такого понятия не существовало, слова такого не было.
Для Mark-1 программы тогда "писали", пробивая дырочки в перфокартах, руками кодируя каждую машинную инструкцию. Машинные инструкции - не человеко-читаемый язык, просто набор цифр.
Вот так, пробивая дыкрочки в карточках и "написали".