Это один из примеров небрежного отношения сценаристов и продюсеров фильмов к построению общей хронологии. Хотя вам правильно ответили, что «Логан» задумывался как отдельная, можно даже сказать, фантазийная история, разберем подробнее.
Итак, Профессор погибает в третьем фильме про Людей Икс. НО в сцене после титров этого фильма выясняется, что он переселил свое сознание в тело некоего пациента, находящегося в коме.
Дальше авторы нашли лазейку и в комментариях к DVD пояснили, что этим пациентом был брат-близнец Ксавье, всю жизнь находившийся в таком состоянии. Ну ладно.
После этого Профессор возникает после титров второго «Росомахи» — уже не объясняется, почему он жив, и Росомаха вроде не особо удивлен этим фактом. При этом второй «Росомаха» продолжает сюжет трилогии «Люди Икс», то есть никакого ответвления нет.
Сцена после титров связывает нас с фильмом «Дни минувшего будущего», в котором мы видим, что Профессор жив и здоров, пусть и живет в мире, захваченном Стражами. А когда Росомаха переписывает историю, он «отменяет» события нескольких фильмов саги, в том числе и третьего. Поэтому Профессор в конце «ДМБ» жив и здоров — ведь третьего фильма не было. Поэтому «Логан» может быть и продолжением фильмов о Людях Икс, хотя криво-косо, но сценаристы объяснили, что Профессор не умирал. Правда, выходит, что после счастливого финала «ДМБ» ему оставалось жить буквально пару лет...