Улучшить микрофлору кишечника можно с помощью специальных препаратов, например, из недорогих - синбиотик Мультифлора от Эвалар. Он, кстати, отличается от ряда препаратов для микрофлоры тем, что в его состав входит не только пребиотик, но и лакто- и бифидобактерии.
Есть специальные препараты для восстановления микровлоры, например, "Линекс", "Нормабакт". Вообще, их рекомендуют принимать вместе с антибиотиками, но если вы не принимали, то пропейте курс уже после окончания приема антибиотиков.
Пропали из аптек все эти линексы и т.д.