Два варианта:
Вообще Яндекс обычно сам понимает эти страницы и не закидывает их в индекс, но иногда бывает что он тупит и индексирует дубли обычных страниц в виде AMP.
Поэтому на всякий случай рекомендую прописать в файле robots.txt следующую строчку для User-agent: Yandex:
Disallow: */amp
Артем, дело в том, что плагин ставит сначала знак /, как тогда быть?
Получается Disallow: /*amp*
Это неправильно?