А смысл как-то шифровать исходники (а файлы .c – это как раз они)? Если предполагается распространение движка, и движок закрытый, то исходников пользователь всё равно не увидит, если движок открытый, то исходники всё равно будут доступны на каком-нибудь Гитхабе, а если движок пишется чисто для себя – тогда тем более нет смысла. Обычно в движках "шифруют" ресурсы: модели, текстуры, архивы, звук, а шифровать исходники никакого смысла нет. Что же касается шифровки ресурсов, то нужно просто выбрать один из готовых форматов, либо придумать свой, и написать функции загрузки так, что бы при загрузке файл расшифровывался.