Скрещиванию разных видов препятствует половая изоляция, которая обеспечивается различиями в местах обитания, в строении половых органов, расхождением в сроках размножения, различиями поведения.
Благодаря географической изоляции виды, обитающие на большом расстоянии друг от друга не способны к скрещиванию. Сезонная изоляция обеспечивается различием сезонов размножения у разных видов. Различие в поведении характерны для высших животных, часто оно имеет свои характерные особенности, исключающие межвидовое скрещивание. Различие в строении половых органов препятствует скрещиванию на биологическом уровне.