Какие программы для управления проектами/учета времени вы используете?

Рекомендую рассмотреть Kaiten. Это российский сервис для совместной работы команд, где все процессы компании в одном месте: проекты, задачи, цели, сотрудники, документы, переписки, отчеты, заявки. 

Почему «Сбер», «Альфа-Банк», «Мегафон», «Ростелеком», «Вкусвилл», «SkyEng», «Додо» и другие крупные компании выбирают Kaiten:

— оплата в рублях без привязки к доллару;

— работа в защищенном облаке или «коробочная» версия для установки на свои серверы;

— внесён в Единый реестр российского ПО: https://reestr.digital.gov.ru/reestr/870368/;

— ориентирован на прозрачное достижение бизнес-результатов;

— позволяет связать глобальную стратегию с линией исполнения;

— несколько досок на одном рабочем пространстве: управляйте большой командой на одном экране;

— задачи, проекты, коммуникации, документы — все рабочие процессы в одном сервисе;

— новые функции и оптимизация сервиса под ваши задачи;

— профессиональный инструмент для работы по Kanban и Scrum: визуализация процессов, WIP-лимиты и детальная agile-аналитика; 

— бесплатный тест-драйв;

— перенос данных из Trello и Jira в несколько кликов.

Здравствуйте! Используем CRM-систему Аспро.Cloud + таск-трекер Аспро.Agile. Про последний сервис можете подробнее изучить в моем недавнем посте :)

Jira (заведение и оценка задач) + ее настройки Tempo, Structure (для планирования)

На данный момент используем функционал Яндекс Трекера. Если интересно, то я вот здесь описывал то, как работает таймер в трекере.

В своих проектах я всегда использовал связку MS Project - Task Tracker.

В качестве task tracker были разные, но чаще всего Redmine. Он бесплатный, и очень мне нравится.