Это слишком общий вопрос.
Ну в общем, Maple, Mathcad, Geogebra, калькуляторы разные, Microsoft Excel (представьте себе, да), Embarcadero Delphi (стыдно признаться, но да (а что такого?), ну там Eclipse + GCC со всеми прелестями коллекции GCC.
Как-то так. Всё ведь зависит от того, что понимать под "изучением", и что именно и с какой стороны "изучать"…
Ну и Microsoft Office как таковой, куда ж без него.
PS: и да, для графов и пр. тот же софт, что и для флоучартов (они же блоксхемы). Он и для того и того годится, как правило. А это много что, включая встроенный функционал в Microsoft Office.