Рыбы произошли от бесчелюстных позвоночных, почти полностью вымершей группы, единственными уцелевшими представителями которых являются сейчас миноги и миксины. По наиболее распространённым сейчас представлениям, рыбы — полифилетическая группа, то есть, имеют разных предков; кистепёрые рыбы (предки наземных позвоночных), включающиеся в группу «рыб», ни по происхождению, ни морфологически истинными рыбами не являются.