В некоторых случаях последствия даже положительные. Гуглится по запросу "декомпрессионная трепанация".
А в остальных случаях, если принебречь кровопотерей, последствия ничтожны.
Основные последствия - косметические (если кость при трепанации убрали). Ещё есть такое понятие, как пострепанационный синдром. Люди с этим синдромом более метеочувствительные, они отмечают головные боли при изменениях атмосферного давления, также у некоторых есть страх повредить головной мозг в проекции трепанационного окна.
Операции на мозге или черепе не просто так проводятся, рассчитываются риски и они обычно гораздо меньше получаемой пользы.
Если вы имеете в виду случайное повреждение мозга, то это случается, но довольно редко, особенно если сам мозг не планировали трогать (обычная трепанация). Еще одним осложнением может быть инфекция, но за этим тщательно следят, операционные всегда стерильны.