Англиканская Церковь - это одна из протестантских церквей. Их несколько (основных, т.н. традиционных, классических):
Лютеранская (в основном страны Скандинавии)
Англиканская (Англия и её бывшие территории)
Реформатская (кальвинизм)
Прочие протестантские церкви - это, в основном, т.н. неопротестантские течения (харизматы, баптисты, евангелисты и тд).
Противоречий и конфронтации между ними нет. Это, если так можно выразится просто разные толкования одного и того же - постулатов Реформации.
Как таковой единой "протестантской церкви" не существует. Но существуют Союзы, Конфедерации, Объединения разных протестантских церквей.