Y в латыни никогда не пишется. Она и называется игрек, "и грек", потому что это греческая i. В научных терминах типа "Pterodactylus" она пишется тогда, когда термин - греческое слово, а не латинское, то есть игрек в латыни используется для транслитерации греческих слов.