Комиксы. В самом первом выпуске про Мстителей в далёком 1963 году, Локи захватил разум Халка и заставил его крушить. Парень по имени Рик Джонс послал Тору сигнал о бедствии, но каким-то чудом сигнал так же перехватили Железный Человек, Человек-Муравей и Оса. И вот они все собрались вместе, усмирили Халка и победили Локи. И кто-то из них заметил, что у них отлично получается работать вместе, почему бы не создать полноценную команду? И Оса говорит: "О, а давайте Мстители. Классное же название". И все быстро согласились. Так толком и не пояснялось никогда, почему Оса предложила именно это слово, а остальные так быстро согласились. Но в 1963, когда в комиксах руководила наивность, это было круто и не нуждалось в дополнительных вопросах.
Кино. В Киновселенной Марвел Мстители сами себя названия не придумывали. Если Вы смотрели первые два фильма о Железном Человеке, то в них появляется Ник Фьюри и Наташа Романова, которые постоянно обсуждают со Старком правительственную инициативу "Мстители". А как известно, правительственные и военные операции обычно называют простыми, броскими словами и не предают этому глубокого подтекста.
Вообще-то они мстят за смерть Коулсена в первых Мстителях.
На то есть команда Отомстителей
В КВМ название и инициативу придумывает и формирует Ник Фьюри, который в свою очередь берет название с истребителя "Avenger" Кэрол Дэнверс(будущий Капитан Марвел). Ну а мстили они в конце концов злодею Таносу, за устроенный им геноцид во вселенной.