Да местное население, в общем, и не уничтожали специально - скорее, отдельные инциденты были. В основном, в сфере английского/американского господства.
Основная причина гибели населения доколумбовой Америки - масштабные эпидемии, начавшиеся после "контакта" со Старым Светом. Избежать этого, боюсь, было невозможно.