Очень сложно оценить ситуацию, при том объеме информации , которую вы предоставили...
По общему правилу, работа инвалидов II группы ограничивается лишь временем - 35 часов/ неделя. Ограничения по возможности использования сменного графика отсутствуют.
При этом график неделя - через неделю звучит достаточно неубедительно, и может нарушать ряд положений ТК РФ (ст.103, 110 и т.д.).
При этом, обратите внимание, что наличие инвалидности,если в медицинском заключении не указано иного, не препятствуют задействованию в сверхурочных работах по вашему согласию.
Таким образом, формально у работодателя есть все возможности оформить отношения нужным образом,но необходимо учитывать специфику работы (одно дело сторож, другое - водитель тс).