Степень зарядки аккумулятора измеряется не напрямую, а рассчитывается из напряжения. В полностью равновесных условиях связь между напряжением и уровнем заряда однозначная, а вот если очень быстро заряжать или разряжать аккумулятор, ионы лития не успевают продиффундировать в объем электродов и вместо этого на их поверхности заряжается так называемый двойной электрический слой (фактически - конденсатор, одна из обкладок которого - электрод, а другая - слой ионов электролита). В итоге измеряемое напряжение может весьма сильно отклониться от равновесного. После того, как ток в системе отключают, двойной электрический слой постепенно разряжается и напряжение опять начинает соответствовать тому, которое задаётся реальной степенью зарядки аккумулятора.
По-видимому, вы работали с достаточно требовательными приложениями, ток в аккумуляторе был большой и на ДЭС скопился значительный заряд. Но вообще я бы посоветовал внимательнее последить за аккумулятором - если такое поведение будет и при обычной работе типа интернет-серфинга, это может означать, что на поверхности активного материала нарос слой продуктов разложения электролита, затрудняющий диффузию. В этом случае аккумулятор лучше поменять, так как возможны разнообразные сюрпризы типа оседания металлического лития и короткого замыкания с пожаром.