Может ли пыль под защитным стеклом поцарапать экран?

Да может. Вы ведь будете давить на неё, прижимать. Со временем, следы останутся. Это не будут борозды, конечно. Кроме того, она будет препятствовать плотному прилеганию.

(Мне она визуально мешала бы, я бы переклеил стекло. Если не можете сами наклеить аккуратно, отнесите в Евросеть, там специалисты, которые делают это постоянно, но придётся заплатить. Знаю одну такую, Катя, работает в ТЦ Калейдоскоп, профи.)

Пыль - это очень мелкие частицы различных веществ. Это могут быть бумажные волокна, частицы кожи или минеральные частицы. Как и с крупными предметами, всё зависит от их твердости.

Если под защитное стекло попали частицы кварца (песка), тогда этот материал легко может поцарапать экран, точнее его стекло.