Можно ли хранить программы и игры на диске D? Если да, то как?

Конечно можно, с этим никаких проблем нет.

Вам всего лишь надо во время установки, дойдя до пункта выбора расположения программы выбрать диск D:\ и соответствующую папку (типа Programs или Games, если надо, конечно).

P.S. не советую слепо переносить папки, лучше переустановите программы и игры.