Можно ли хранить свои папки и файлы в папках Program Files и Program Files x86?

В принципе Вы можете хранить свои файлы и папки в любой папке. Даже в папке Windows. Никто Вам запретить этого не может и с ними ничего не произойдет.

Папки Program Files и Program Files x86 - предназначены для хранения в них файлов установленных программ, в том числе и установленных самим пользователем.

Просто имейте ввиду несколько моментов:

1. Хранить все в одной куче и программы, и данные - не совсем правильно. В случае какой-то неприятности, например переустановки Windows, придется разбираться какие файлы и папки принадлежат программам и их можно удалить, а какие содержат ценные данные.

2. Система может ограничивать права некоторых пользователей при доступе к важным папкам, в том числе и Program Files и Program Files x86, что может привести к тому, что в какой-то момент файлы окажутся недоступными. Это решаемо, но не приятно.

3. Вредоносные программы в первую очередь стараются нанести повреждения в важных системных папках, т.е. и в Program Files и Program Files x86 (поэтому Windows и пытается ограничить права). А значит храня свои данные в них, Вы повышаете риск их потери.

4. Если в Ваших файлах каким-то образом окажется вредоносная программа, то получится, что Вы её сразу поместили в одну из самых важных папок на компьютере, чем упростили ей повреждение Вашего компьтера.

Поэтому если хотите - храните, но представляйте возможные последствия.