На разных.
Например, ПО космического корабля "Буран" было написан на ДРАКОНе: Подробнее.
У американцев для такой цели широко используется язык Ада: Ада (язык программирования)
Сейчас же большая часть пишется на C и C++ (быстрая работа + широкое распространение позволяют дешевле разрабатывать). При этом они скорее всего используют старые математические библиотеки на Fortran (потому что они уже давно вылизаны и используются).
Не могу сказать, что я эксперт в этом вопросе, но по моим данным всё именно так.
Ада, Модула, ассемблер, Си, более специализированные языки. Зависит от требований к конкретной системе.
В отношении самолётов надо сказать, что там работает множество разных систем, начиная от отказоустойчивых компонентов управления и заканчивая мультимедийными системами для пассажиров на базе обычного линукса и Си++.