Проблема в том, что методология методологии рознь. Научная методология прошла долгий путь от наблюдений за солнцем и звездами у древних до современных орбитальных телескопов и ускорителей частиц. Тем не менее, почему-то до сих пор обнаруживаются уникумы, которые заявляют, что у себя в гараже, на коленке изобрели новую теорию-всего-на-свете, объединяющую квантовую механику с мудростью вед, микологию с ксенолингвистикой, а биохимию с френологией. На деле же оказывается, что человек пользуется методами, которые для науки считаются устаревшими уже веков так 10 - и претендует тем самым на "переворачивающие основы" открытия.
Изменение методологии, действительно, часто бывает невероятно продуктивно для развития науки. Но для этого 1) методология должна быть действительно новой, а не "хорошо забытой старой" и 2) полученная в результате применения новой методологии теория должна не только объяснять парочку необъяснимых фактов (вроде размытых пятен, напоминающих тарелки, на снимках 50-летней давности), но еще и систематически объяснять ВСЕ факты, с которыми предыдущая теория тоже худо-бедно справлялась. В этом главная проблема амбиций большинства псевдонаучных теорий: они начинают с того, что "наука многого не может объяснить!" Далее приводится 3-4 факта, которые, с точки зрения автора, наука объяснить не может (в абсолютном большинстве случаев выясняется, что в действительности может, просто автор об этом не знает). И далее с помпой презентуется новая теория, которая эти 3 факта-таки объясняет, но как ее согласовать со всем остальным массивом известных фактов - это нашему автору уже не интересно.
И это я даже не говорю о том, что наука вообще-то должна не столько объяснять факты, сколько предсказывать существование новых, неизвестных фактов - и именно обнаружением таких неизвестных, но предсказанных фактов теория лучше всего и проверяется. Но лжеученые не интересуются поиском нового - вместо этого они снова и снова пытаются подтвердить то, что им и их соратникам давным-давно уже известно.
Наука всё время изменяется и всегда находятся сторонники того, что достигнутое достигнуто неверным путём - неверной методологией по вашему.
Если по простому, то это проявление конфликтов методологий в науке.
Псевдонаука, лженаука — деятельность или учение, представляемые сторонниками как научные, но по сути таковыми не являющиеся.
Другое распространённое определение псевдонауки - мнимая или ложная наука; совокупность убеждений о мире, ошибочно рассматриваемая как основанная на научном методе или как имеющая статус современных научных истин.