Да, лучше пищу закрывать, но не плотно, оставляя отверстие для выхода пара. Так как это ускорит разогрев и сохранит микроволновку в чистоте.
А вот если закрыть плотно, то есть вероятность, что избыток пара вырвет крышку, и тогда вам, наоборот, придется долго отмывать внутренности микроволновки от пищи.
Закрывая крышкой еду при разогреве вы тем самым сохраняете получаемое тепло и не забрызгиваете при этом поверхность микроволновой печи. Две выгоды в одном. Облегчаете свою жизнь, не внося в пункт об уходе в квартире, пунктик "почистить микроволновку".)