Как оплатить пошлину за номерные знаки через сайт Госуслуги?

Такой функционал отсутствует, если вы уже оплатили без получения номеров, если б не оплатили можно было бы создать новое заявление, оплатить пошлину в нем и квитанцию подать при постановке из нового заявления (замороченно, но можно попробовать). В вашем случае, проще присвоить номера в ГИБДД без получения, а рядом с ГИБДД изготовить себе знаки, заранее поищите где подешевле можно сделать, обычно за 1500 руб около ГАИ в Москве можно найти кто изготовит.