Очевидно, что Y-хромосома досталась Иисусу от Иосифа, мужа Марии, ну, или от другого мужчины, спавшего с ней. В любом случае, Мария отрицала наличие половых контактов, а учитывая времена, когда разворачивались события - люди с легкостью поверили в чудо.
Сейчас христианские богословы, как и тысячи лет назад, с трудом пытаются связать плод фантазии с реальными научными фактами. Любые нестыковки объясняются все тем же чудом, и рассчитывать на исследование генома Иисуса под эгидой церкви не приходится, ибо научный подход не способствует вере в чудеса (которая, к слову, отлично кормит служителей церкви уже больше 2 тысяч лет).
Есть версия, что это был единственный случай успешного партеногенеза у человека. То есть у него не было и не могло быть второго набора хромосом - оба набора были материнские, но тогда он должен был быть женщиной.
А вот что на эту тему говорят богословы это мне неизвестно. Почти уверен, что ничего вменяемого и не говорят, собственно.
Иисус была женщиной. Остальное — грязные спекуляции авторов-мужчин.
Так как понятия хромосом в те времена не было, об этом в библии не писалось. Однако сказано что "отцом" Иисуса является Бог. В зависимости от кого вы спросите ответ может варьироваться от: это был совершенно новый сет хромосом, или: это были хромосомы его отца и матери (Марии и Джозефа).
Только вот явно не Джозефа, а Иосифа. Я понимаю, что Джозеф - это по-английски, но все ж таки.
Божественные хромосомы? Думаю, генетикам было бы чертовски интересно их изучить. =)