Почему человека по своей сущности называют что а не кто, например что такое человек а не кто такое человек?

Первый раз слышу, чтобы человека называли как ЧТО

Мне кажется, что вы тут не правы. Обычно говорят "Кто такой человек" и "Что он из себя представляет".
В первом случае речь об индивидууме, а во втором о каких-то моделях поведения в обществе, поэтому используется "что".