Почему чем больше у родителей ребенка одинаковых генов, тем более уродливы дети?

Относительно красоты - это к художникам и литераторам, очень уж субъективная категория. На мой взгляд, не всегда так получается, как написано в вопросе, например, высокоинбредные британские кошки редчайшего рецессивного окраса серебристая шиншилла - образец котячьей красоты (по мнению человека). Есть изумительно красивые люди из сравнительно закрытых генетически племен Африки, (масаи, например) другое дело, что естественный отбор избавил их от генетического груза, поскольку народность формировалась из нескольких).

Близкородственные скрещивания увеличивают риск возникновения генетических патологий, но далеко не всегда генетическая болезнь равна фенотипическому уродству, 99% вредных мутаций и вообще никак не влияют на внешность (просто мы привыкли, что занкомые нам тяжелейшие чаще хромосомные аномалии вызывают уродства), а большинство заболеваний т.к. затрагивают дублирующие друг друга биохимические процессы, вообще глазу не видны. Например, потрясающей красотой могут обладать девушки с врожденной полигенной гиперхолестеринемией и гипертонией, полной непереносимостью лактозы или врожденным генетически-детерминированным иммунодефицитом, с точки зрения эволюции при отсутствии притока генов логичен отбор наиболее здоровых и привлекательных для спаривания особей, остальные элиминируются. Инбредная депрессия же у человека практически не встречается. Однократное скрещивание близких родственников, не имеющих тяжелых гетерозиготных рецессивных мутаций не приведет вообще ни к каким послдествиям, кроме повышения рисков у потомства. Инцест порицается в большнистве обществ по простой причине, в доисторическую пору он являлся естественным явлением и был распространен, но люди стали замечать, что последовательные многократные скрещивания с родственниками не делают потомство более приспособленным к жизни. Фараоны - хороший пример, они имели системные близкородственные скрещивания, поэтому династии и прекращались. 

Об одинаковости генов… не открою секрет читателям, что, вообще-то, сходство геномов у двух родственников незанчительно выше, чем у неродственников, мы все похожи на 99,99%, так как относимся к одному биологическому виду в котором нет подвидов, все кодирующие последовательности у человека идентичны на те же 99,9%, а родство выявляют по специально отобранным для этой цели вариабельным участкам хромосом, в которых, внимание(!), генов нет, поэтому они и вариабельные, большинство важных генов (кодирующих белок последовательностей) у других млекопитающих и у нас очень похожи (95-98%), генетически консервативны.