Малабарская церковь, основание которой связывают с проповедью апостола Фомы, использует в качестве Священного Писания сирийский перевод Библии, называемый Пешитто. Состав Нового Завета этого варианта Библии отличается от общепринятого христианского канона отсутствием Откровения и четырех апостольских посланий: 2-го Петра, 2-го Иоанна, 3-го Иоанна и Иуды. Но "Евангелие от Фомы" в состав Пешитто никогда не входило.
"Евангелие от Фомы" было признано апокрифом, т.е. книгой не входящей в канон Священного Писания, еще в III веке. Так христианские писатели Ориген и Ипполит Римский относили "Евангелие от Фомы" к гностическим текстам, а святитель Кирилл Иерусалимский считал его одним из основных писаний манихейцев. В любом случае, "Евангелие от Фомы" никогда не входило в канон Нового Завета, как на греческом так и на сирийском языках.