Вопрос надо рассматривать в 2 разрезах.
Первый разрез: культурно-философский. А ответ на него - греческие боги никуда не исчезли, о чём явно говорит фильм с Арнольд Шварценеггером "Геркулес в Нью-Йорке".
Второй разрез: исторический. Тут на мой взгляд дело в том, что греко-римской империи монотеизм с явно выраженным прозелитизмом был банально выгоднее их старого язычества (которое было вдобавок крайне схоже с религиями других народов и тянулось из глубин веков). В принципе можно пофантазировать, что с появлением буддизма наметилось явное культурное родство будущего китая и индии. Что несло в себе угрозу для других. В итоге случился поход Александра Македонского, который во-первых основал империю, а во-вторых подразделил интересы условных китайцев и индусов. Далее был постепенный исход не монголоидных кочевников из Великой степи. А греко-римляне сделали религию на основе, как европейских мифов, так и мифов пространства начиная от бывших владений Карфагена и до ирана. В итоге к моменту полномасштабного вторжения монголоидных кочевников, европа уже была под знаменем христианства, а ближний восток под знаменем ислама.