Если не вдаваться в подробности, то потому что у каждого героя должен быть главный враг.
Если копнуть глубже, то вопрос задан не совсем верно. Это Супермен является заклятым врагом Лютера, сам же криптонец не питает какой-то ненависти к лысому злодею. Если брать основную вселенную DC, то у Супермена нету никаких причин ненавидеть Лютора. Суперегрой просто мешает его злостным планам, т.к. стоит на страже добра и спокойствия обычных людей.
У Лекса Лютора же имеется ряд причин всей душой ненавидеть Супермена. Лексом движет стремление мирового господства. Он хочет стать персоной номер 1 в Метрополисе, а затем и планеты Земля. Но ему приходится находится в тени Супермена. Пока Человек из стали жив, Лекс не сможет реализовать свои грандиозные амбиции. Поэтому смыслом его жизни стал поиск способа победы над Суперменом. Возможно здесь также примешана и зависть. Ведь Лекс - умнейший человек планеты, а Кларк - какой-то пришелец, которому не место на Земле.
Стоит отметить, что герои уважают друг друга. Не раз им приходилось объединять свои силы, ради защиты Земли от глобальной угрозы.