Не поверите, но такая метаморфоза произошла случайно. Изначально местоимение «я» в среднеанглийском выглядело как «ic» (схоже с немецким «ich»), но затем, как и в любом языке, произошли разного рода изменения и согласная «с» отсохла и отвалилась. Оставшаяся «i» всё ещё была строчной и никто не был против, пока буква не стала просто-напросто теряться в тексте (ещё бы, такая маленькая и всего одна). Где-то в 13 веке местоимение чуть-чуть увеличилась в размерах, её стали писать более вытянутой, чтобы текст не превратился в кашу, а к нашим дням маленькая «i» повзрослела и стала «I».
Вероятно, вскоре мы обратим этот процесс вспять, т.к нужды прописной гласной нет (если не начало предложения) – всё-таки цифровой век и итак видно, какая буква использована.