Я если написал слово с ошибкой, оно мне на вид не нравится. Оно выглядит "как-то не так". Я где-то читал, что это восприятие слова в целом, как изображения, как иероглифа. То же и на английском. Не обязательно много читать. Мой папа, к примеру, читает мало, читать не любит, ну, если только специальные статьи по работе. Он пишет без ошибок. Мой одноклассник прочёл шкафы книг, я у него брал почитать много чего, а выше "трояков" по "русскому" никогда не поднимался. А меня эти правила лишь с толку сбивали. Во-первых, запоминать их трудно и тоскливо (и главное, смысла не вижу - зачем, если и так все ок). Во-вторых, я сомневаться начал. Как сороконожка, которую спросили.
А с запятыми другая история, тут всё несколько хуже. Наверное, ими заведует другое полушарие. Западное.
Это связано с визуальной памятью. Люди много читали и очень хорошо помнят как выглядят слова и предложения. И изображают их так как помнят автоматически.
Скорее всего, они достаточно начитаны и/или у них хорошая долговременная память. То есть человек не может сформулировать само правило, но он часто сталкивался с ним на практике и в похожих случаях пишет по методу аналогии. Второй вариант: со временем теоретическая форма правила забылась, но суть человек понимает, и как оно применяется тоже понимает.