Потому что Уэльс был присоединен к Англии еще до появления флага у последних. Впервые о георгиевском кресте на флаге Англии упоминается в 1545 году, а территория Уэльса была захвачена еще в 1282 году. Ну. и когда Англичане придумывали себе флаг, они ж не могли знать, что в будущем им придется на его основе создавать Юнион Джек, который будет символизировать единство четырех королевств и т.д. И еще можно отметить, что Шотландия и Ирландия все-таки были королевствами, а Уэльс назвать единым королевством никак не получается, несмотря на отдельные успехи по его объединению в эпоху независимости.
Отдельно еще можно предположить, что в XVI веке, когда крест Св.Георгия становится флагом Англии, на троне сидят Тюдоры имеющие валлийские корни. Страшно представить даже. что бы началось рискни они Уэльские символы на флаг пытаться протащить.