Почему нельзя было сделать в одном дне 20 часов по 100 минут по 100 секунд (секунда была бы другой, но мы бы привыкли)?

Еще как можно.
Франция пыталась сделать нечто подобное во времена Великой французской революции в рамках своей идеи децимализации. Каждый месяц у них разделялся на 3 декады по 10 дней, каждый день дробился на 10 часов,  час на 100 минут, а минута на 100 секунд. 

Никому это особо не понравилось, и через год систему отменили. 

Ну и китайцы использовали десятичное время в некоторых своих календарных системах аж до конца 17 века. Например, популярный в конце династии Юань календарь Шоуши, разработанный астрономом Го Шоуцзином, был основан именно на десятичном делении суток.

Так что, как уже было замечено, это дело привычки. Нет никаких особых причин не использовать десятичное время.