Сложная история.
Ещё в середине двадцатого века все подобные заимствования (метро, пальто, кофе) были мужского рода. В этом можно убедиться, если почитать старые газеты.
И до сих пор сохранились некоторые слова в "мужского падеже" в шуточном или подчёркнуто старом, неграмотном говоре - под пальтом, на пианине, с кофем.
Но русский язык устроен так, что в нём слова, оканчивающиеся на -о и -е - среднего рода. Поэтому все эти слова стали постепенно переходить к среднему роду.
И в это же время была совершена одна из ошибок советской лингвистики - "узаконивание" словарей и пропаганда литературных норм. Это до сих пор видно в школьном образовании - если написать не "нет", а "нету" - учитель не станет объяснять разницу, а просто обзовёт безграмотным деревенщиной, потому что одно слово внесено в словарь, а другое является разговорным или устаревшим. Поймите меня правильно - в литературной норме и в грамотности нет ничего плохого. Просто в СССР начали вдалбливать, что в правописании отклоняться от нормы - это позор.
Слово "кофе" просто не успело перейти из мужского рода к среднему, и попало под этот каток - "Фу, позор, оно - это г...но и министерство образования, а кофе - только он, как можно быть таким безграмотным, ужс!" Шуточки, смешные картинки на эту тему и так далее. Кофе стало "маркером" грамотности - просто потому что когда-то были приняты правила, не совсем учитывающие тенденции развития языка.
Но какие правила не устанавливай - я люди будут говорить так, как им удобно - по течению развития языка. И кофе постепенно всё чаще и чаще стало употребляться в среднем роде - вслед за остальными словами. И в 2009 году это было признано "официально" - сейчас словарной нормой является как мужской род слова "кофе", так и средний.
Со временем, скорее всего, мужской род слова кофе исчезнет, как мы к этому не относились.
Такие дела.
