Правильнее для понимания не "вращаются в обратную сторону", а "ось вращения наклонена" (на 97 градусов у Урана и на 177 градусов у Венеры). Такое вращение, кстати, называется "ретроградное" (от retro - назад, обратно и gradus - шаг, ступень).
Все планеты изначально имели одно направление вращения вокруг своей оси относительно плоскости эклиптики, т.к. природа момента вращения у всех планет одна.
Ось вращения у Венеры и Урана изменилась в результате воздействий других тел - столкновение с другой планетезималей на этапе формирования планеты (как Земаля с Теей, в результате ось наклонилась не сильно (27 градусов), но появилась Луна - такая версия считается основной для Урана), близкое прохождение другого тела (например, Меркурия для Венеры) или других гравитационных воздействий.