Тут проблема вот в чём: нам часто кажется, что правила языка — это какая-то сформированная умными и авторитетными лингвистами норма, закон, которому нужно следовать, чтобы говорить правильно. Но это представление неверно: норма— это вторичное явление. Язык динамичен, он развивается по своим естественным законам. На то, как он меняется, влияет бесчисленное множество факторов, и целенаправленно повлиять на это практически невозможно. То, что делают лингвисты, составляющие правила — это пытаются поспеть за каждодневно меняющимся языком и зафиксировать сегодняшнюю норму, балансирующую между традицией и современным употреблением языка, узусом. В этом смысле правила всегда немного отстают от того, как в действительности говорят на языке, но это отставание, в свою очередь, замедляет и контролирует изменения.
В этом смысле показательна, например, история со словом «кофе»: по аналогии с большинством несклоняемых существительных, в живом языке это слово уже давно тяготеет к среднему роду, тогда как нормой до 2009 г. был мужской. Но в какой-то момент консервативное правило уступает живой речи, в данном случае — её стремлению к унификации, — и вот Министерство образования признало нормативными оба рода. Можно предположить, что лет через тридцать-сорок мужской род слова «кофе» станет даваться с пометкой «устар.», а позже и вовсе исчезнет из словарей, потому что исчезнет из речи — если, конечно, не начнётся противоположная тенденция.
Исключения в правилах не создаются целенаправленно, они результат живого развития языка по законам исторической грамматики, фонетики и прочего, у каждого правила и каждого исключения есть история и исток в речи народа в тот или иной период времени. И поскольку правила и исключения возникают естественным образом, невозможно целенаправленно что-то выкинуть или исправить так, как лично нам кажется удобнее; язык будет развиваться так, как кажется удобнее говорящему на нём народу.
P. S. Помню, была ещё где-то шутеечка на эту тему, что-то в духе «Лингвисты следят за соблюдением языковой нормы? Ага, а геологи — за тем, чтобы тектонические плиты не разъезжались». Это немножко преувеличение, конечно, но намного ближе к истине, чем нам обычно кажется.