Всё очень просто. Если это чужой бакомат, то транзакция пойдет через чужой банк и через платежную систему, через которую связан чужой банк и банк, выпустивший карту. За каждую проведенную операцию все её участники хотят получить денег: и чужой банк, и ваш, и платежная система (Visa или MC). Вот отсюда и возникают комиссии за выдачу средств в чужом банкомате. Когда деньги снимаются со "своего" банкомата, транзакция попадает напрямую в банк, минуя промежуточные ступени, поэтому такая операция бесплатна.