Система устроена так, что ее элементы должны быть послушными и исполнительными. Есть приказ - его выполняют. Есть квота на "врагов народа" - ее обеспечивают. Изнанку сталинских времен отлично описал Александр Орлов в "Тайной истории сталинских преступлений". Что характерно, сам автор служил в НКВД в высоком чине и знал лично многих, о ком пишет. Был исполнительным, не мучался угрызениями совести. Когда понял, что его зачистят, как его начальство, нашел способ сбежать, захватив семью. Своей книгой он шантажировал Сталина - "тронешь меня или семью, рукопись попадет к издателю". Кстати, оба выполнили негласное соглашение. На Орлова не охотились киллеры НКВД, а рукопись издали только после смерти Сталина.
А почему Вы решили, что они остались безнаказанными?
Самый яркий пример - допустившие репрессии невиновных людей и перегибы в организации работы народные комиссары внутренних дел Генрих Ягода и Николай Ежов были расстреляны. После проверки дел Берией в 1939-1941 годах куча народа была уволена из органов, посажена, расстреляна. Так что о безнаказанности речи не идет.