Почему у многих писателей-фантастов есть произведения, связанные с религией? Разве это не противоречащие жанры?

Ничего противоречащего здесь нет. Во-первых, религия сопровождала человечество на всём протяжении истории и, исходя из того, что мы знаем сейчас, вряд ли когда-нибудь исчезнет. Да, религия будет трансформироваться, и трансформироваться значительно, но говорить о смерти религии нет никаких оснований. 

Существовали некоторые попытки показать, что религиозность якобы снижается по мере роста благосостояния и образования - но эти идеи не подтвердились эмпирически. Почему? Дело в том, что, например, проводившиеся в 2000-х годах в США исследования показали, что люди с более высоким уровнем образования, действительно, реже ходят в церковь и менее склонны буквально верить в церковные догматы (об аде и рае и проч.). Зато они (в США, во всяком случае) намного охотнее верят в телепатию, реинкарнацию, практикуют медитацию и т.д. и т.п. То есть характер религиозности может меняться, и довольно значительно, а вот сама религиозность не устраняется.

В конце концов, вы можете даже законодательно ограничить религию - как в СССР - и объявить себя атеистической державой. Что произойдёт в перспективе 10-30 лет? Вы замумифицируете вашего вождя, построете ему зиккурат и начнёте устраивать туда паломничества - это стандартный, хорошо известный даже по религиям коренных народов, культ вождя. Потом вы переживёте впечталяющее историческое событие - скажем, войну - и после неё начнёте строить огненные алтари и стеллы в честь Дедов, которые воевали. Что-то сродни культу героев Троянской войны, то ли славянскому культу предков. И т.д. и т.п. Короче говоря, не получается как-то избавиться от религии совсем: вы её гоните в дверь, а она лезет к вам через окно.

Именно поэтому нет никаких оснований считать, что религиозность когда-нибудь исчезнет - скорее она трансформируется, адаптируясь к новым социальным реалиям.

Во-вторых, религия и наука не противоречат друг другу. Например, многие исследования в области нейрофизиологии сегодня финансируют буддисты, а Далай-Лама является частым гостем на лекториях по нейрофизиологии и философии сознания. Недавно он встречался и с российскими философами. Или, если брать католиков, можно вспомнить, например, Тейяра де Шардена, одновременно католического монаха и видного представителя современной католической философии и, в то же время, учёного. И т.д.